L'Università di Bologna ha origini molto antiche: fondata nel 1088 è indicata come la prima Università del mondo occidentale. La sua storia si intreccia con quella di grandi personaggi che operarono nel campo della scienza e delle lettere ed è riferimento imprescindibile nel panorama della cultura europea.
Dalla fine del secolo XI, quando a Bologna maestri di grammatica, di retorica e di logica iniziano a studiare il diritto, al secolo XIV - quando alle scuole dei giuristi si affiancano quelle dei cosiddetti "artisti", studiosi di medicina, filosofia, aritmetica, astronomia, logica, retorica e grammatica, e viene istituito l’insegnamento di teologia -, l’Università di Bologna consolida il proprio ruolo di primo piano. All’Alma Mater, in quegli anni, trascorrono periodi di studio Dante Alighieri, Francesco Petrarca, Guido Guinizelli, Cino da Pistoia, Cecco d'Ascoli, Re Enzo, Salimbene da Parma e Coluccio Salutati.
Nei tre secoli successivi (XV-XVII), si costituiscono insegnamenti di greco e di ebraico, quelli di "magia naturale", cioè la scienza sperimentale, e i primi studi di chirurgia plastica. Figura rappresentative di questo periodo sono Ulisse Aldrovandi, con il suo contributo alla farmacopea e allo studio degli animali, e Marcello Malpighi, che ricorre al microscopio per le ricerche anatomiche. La fama dell'Università di Bologna si propaga in tutta Europa e diviene meta di ospiti illustri come Thomas Becket, Paracelso, Raimundo de Pegñafort, Albrecht Dürer, san Carlo Borromeo, Torquato Tasso e Carlo Goldoni.
Studiano a Bologna anche Pico della Mirandola e Leon Battista Alberti applicandosi al diritto canonico. Nicolò Copernico vi studia invece diritto pontificio, iniziando anche le proprie osservazioni astronomiche.
Con la Rivoluzione Industriale, nel XVIII secolo, l'Università promuove lo sviluppo scientifico e tecnologico. A quest’epoca risalgono gli studi di Luigi Galvani, uno dei fondatori dell'elettrotecnica moderna. Nello stesso periodo diviene evidente l’apertura a studiosi di sesso femminile, pur essendo le donne ammesse all'insegnamento sin dal XII secolo. Tra le più celebri donne insegnanti si ricorda Laura Bassi, che ebbe la cattedra di filosofia e quella di fisica sperimentale.
Successivamente alla nascita dello stato unitario italiano, per l'Università di Bologna è un momento di grande rilancio in cui spiccano le figure di Giovanni Capellini, Giosuè Carducci, Giovanni Pascoli, Augusto Righi, Federigo Enriques, Giacomo Ciamician, Augusto Murri.
Nel 1888 si celebra l'ottavo centenario dello Studium, evento grandioso che riunisce a Bologna tutte le università del mondo per onorare la Madre delle Università. La cerimonia diviene una festa internazionale degli studi poiché le università riconoscono a Bologna le loro radici, gli elementi di continuità e i comuni ideali di progresso nella tolleranza.
Cento anni dopo, in occasione del novecentesimo anniversario dell’Università di Bologna, questa viene riconosciuta formalmente come l'Alma Mater di tutte le università. La città ospita i rettori di 430 università che hanno sottoscritto la Magna Charta Universitatum Europaeum, che riafferma l'autonomia dell'Università, il legame inscindibile tra attività didattica e di ricerca rifiutando i limiti imposti da "ogni frontiera geografica o politica".
Nel 1989 l'Alma Mater dà il via a un progetto di decentramento in Romagna che è anche il più importante mai sviluppato da un'università italiana. Nel 2000 l'Università riconosce particolari forme di autonomia alle sedi romagnole e si costituiscono i Poli scientifico didattici (oggi Campus) di Cesena, Forlì, Ravenna e Rimini. Nel 1998 l'Università, inoltre, inaugura una propria sede a Buenos Aires.
Il 19 giugno 1999, nell'Aula Magna dell'Università di Bologna, 29 Ministri dell'Istruzione Superiore europei sottoscrivono la Dichiarazione di Bologna, che crea una comune area europea di istruzione superiore. È l'inizio di un processo di riforma, definito Processo di Bologna, che coinvolge i Paesi europei aderenti in un'opera di ristrutturazione omogenea dei sistemi universitari.
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